それを探してみましたが、アップロードを削除するためのAPIエンドポイントは存在しないようです。
これに関する言及や提案が見つからなかったため、ここに投稿します。最も近いものとして見つけたのは、API: a scope with access to /uploads です。
アップロードのAPIキーの粒度のスコープ設定では、「作成」は利用可能ですが、「削除」は利用できないことがわかります。
潜在的な回避策としては、カスタムオートメーションを作成し、それをAPI経由でトリガーすることが考えられます。