@dadbergさん、こんにちは。
CloudflareがDiscourseを壊すとは言ったことはないと思います。時々問題を引き起こすのは、Cloudflareの「パフォーマンス最適化」です。Discourseはすでに十分に最適化されており、これらの調整が原因で問題が発生することがあります。
以下の手順を実行すれば、別のサブドメインは必要ありません。
- オレンジ色のクラウドをオフにしてインストールする
- サブドメイン全体の「パフォーマンスを無効にする」ためのページルールを作成する
- アップロードパスをキャッシュするためのページルールを作成する