Minha compreensão é que isso visa facilitar o suporte: a CDKC usa a versão de código aberto; eles obtêm sua renda com o hospedagem, o que financia o suporte gratuito que oferecem à versão oficialmente suportada.
Há um guia para dividir os containers aqui: Multisite configuration with Docker
Conseguimos fazer uma instância rodar com docker-compose, então o que você está buscando é certamente viável.