Se ambos os plugins estiverem instalados e ativados, ele deverá funcionar sem problemas. Se o destino não estiver instalado/ativado, você receberá um aviso no console. Mas você pode usar o parâmetro ignoreMissing para silenciar isso.
api.modifyClass(
"component:some-component",
(Superclass) => ...,
{ ignoreMissing: true }
);
Claro, o conselho padrão do modifyClass ainda se aplica: deve ser um último recurso e pode quebrar a qualquer momento, então você deve garantir que seus testes sejam bons o suficiente para identificar problemas rapidamente. Usar transformers seria uma estratégia muito mais segura.