Sua tabela de notificações ainda é gigante. Compare, por exemplo, o meta:
notifications | 1230140 | 316 MB | 581 MB | 897 MB
Tente isso (o primeiro comando pode causar brevemente erros ou tornar o banco apenas para leitura enquanto executa):
VACUUM FULL VERBOSE notifications
e
REINDEX DATABASE «yourdatabasename»
E então você pode repostar as estatísticas?
(Olhando as outras tabelas, sua tabela posts também possui índices enormes — no meta temos 3933 MB com apenas 674 MB de índices. Se você puder abrir uma breve janela de manutenção, recomendo executar VACUUM FULL VERBOSE, que fará isso em todo o banco de dados, seguido do reindexamento.)