Você já leu isso? Eu também tive dificuldades para configurar o S3 e o Cloudflare, mas finalmente consegui resolver. Você ainda pode usar o Cloudflare pelo benefício de segurança, mas tenho quase certeza de que precisará de um serviço de CDN separado também. O Cloudflare não é como uma CDN normal, ele funciona de maneira diferente. Você deve migrar para um serviço S3 mais barato; a Amazon é cara.