¿Qué deberían hacer _realmente_ los Temas?

El selector de temas hace lo que hace. Cambia el tema. Pero no cambia la paleta de colores.
Puedes cambiar la paleta de colores en tus preferencias https://meta.discourse.org/my/preferences/interface.

Creo que cuando se elige “tema predeterminado”, la paleta cambia cuando seleccionas un tema diferente. Pero de lo contrario, no lo hace.