Estos nuevos números de versión siguen siendo semver válidos y se pueden analizar con Gem::Version.new, por lo que esa es la mejor manera de compararlos.
Si intentabas analizar version.rb manualmente, entonces el cambio relevante podría ser este que reestructuró el archivo para admitir este nuevo sufijo.
Si puedes compartir el código relevante, estoy seguro de que podemos ayudarte a resolverlo.