おそらくそうでしょう。当面はEmberで個別のjs/hbsがサポートされるようですが、テーマ/プラグインのビルドシステムを簡素化するために、より早く移行することが理にかなっているかもしれません。
hbsを非推奨にする場合、通常の非推奨サイクルとアナウンスメントを経て進めますので、突然の出来事にはなりません。
標準のリンティング設定を使用しているテーマ/プラグインでは、すでに.hbsファイルは禁止されており、gjsへの移行を支援する自動ツールがあります。CDCK所有のテーマ/プラグインは、そのツールでほぼ更新が完了しています。