Я думаю, что в любом процессе, где есть возможность «может быть публичным, может быть приватным», всегда будет место для ошибок пользователя при создании темы. Будь то выбор правильной категории, запоминание необходимости нажать «шепот» или добавление тега, который затем выполняет CSS-магию для скрытия темы, и так далее. В какой-то момент нужно сделать этот выбор, и вместе с ним появляется возможность всё испортить. 
Я считаю, что подкатегория — это лучший способ обеспечить уверенность в защите видимости. Если вы не хотите включать под-подкатегории для этого (или менять структуру категорий верхнего уровня с помощью альтернативы, например, Category Groups), вы можете создать дополнительную подкатегорию в разделе «Поддержка» для #internal-bug-reports, а затем использовать фильтр тем для создания пользовательского списка тем, включающего темы из обеих категорий. Этот список можно добавить в боковую панель для ваших разработчиков.
Просто для интереса я проверил, можно ли изменить тип поста (post_type) исходного сообщения через API. Хотя это сработало, пост всё равно отображался в списке тем для тестового пользователя без прав «шепота», и при попытке открыть его возникала ошибка. 
Похоже, потребуется дополнительная работа разработчиков, чтобы это исправить (и, возможно, появятся и другие конфликты из-за неожиданного поведения, когда вы начнёте копаться в системе).