これは最近のマイグレーションシステムでのリグレッションで、テーマのキャッシュがテーマのマイグレーション実行後に更新されないという問題です。これは以下のプルリクエストで修正されました。
これは実際には真実ではありません。設定は失われるのではなく、キャッシュがデータベース内のオーバーライドではなく、設定のデフォルト値を使用しているだけだからです。