Offizielle Begründungen mögen viel sinnvoller sein als meine, aber ich denke, SMTP wird in der YML-Datei aufbewahrt, weil E-Mails für Discourse entscheidend sind. Sie können Discourse nicht als Administrator ohne eine gültige E-Mail-Verifizierung betreten. Jeden ohne jegliche E-Mail-Verifizierung registrieren zu lassen, ist an sich schon ein Risiko.
Außerdem ändern die Leute ihre SMTP-Einstellungen im Allgemeinen nicht sehr oft, sobald sie einmal festgelegt wurden. Ich bin Administrator von Websites, die seit über 8 Jahren ohne Änderung der SMTP-Einstellungen laufen.