Esse problema não tem nada a ver com o Discourse e está relacionado aos registros DNS do seu domínio. Pela sua descrição, parece que você tem um registro A para o subdomínio www apontando para o endereço IP onde você está hospedando o Discourse, o que é diferente do domínio raiz (geralmente um registro A com o nome @). Nunca usei o GoDaddy, então é melhor que você navegue pela seção de ajuda deles, a menos que alguém aqui possa te ajudar.
Provavelmente é mais do que isso. Você também precisa lidar com o Let’s Encrypt e seu proxy para que isso funcione se estiver usando HTTPS (como você deveria!).
Veja:
Se eu fosse você, manteria as coisas simples e usaria apenas um.