もう疲れた。Discourseを複数のVPSにインストールしたが、どれも動作しない

私の推測では、何らかの理由で Let’s Encrypt の発行に失敗したようです。

リクエストが拒否されている可能性があります。

はい、app.yml と Let’s Encrypt への接続状況を確認してください:

docker exec app bash -lc '
curl -4 -v \
  --connect-timeout 10 \
  --max-time 20 \
  https://acme-v02.api.letsencrypt.org/directory \
  -o /dev/null
'

/var/discourse から実行してください。