Rimozione delle sovrascritture del template - Qualcuno può spiegare?

Non preoccuparti. Kris o qualcun altro aggiornerà alla fine il tema.
Se sei curioso dal punto di vista tecnico, questo è correlato a Removing support for "template overrides" and mobile-specific templates.

Se si tratta solo di modifiche CSS, ti incoraggerei a creare un nuovo componente tema:

Quindi, allegalo al tema ufficiale reddit-ish e sposta il tuo CSS in questo componente.
In questo modo, riceverai gli aggiornamenti ufficiali mantenendo il tuo CSS personalizzato.

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