Резервные копии несколько раз не удавалось загрузить в S3 — в итоге загрузка прошла успешно

Возможно, у вас заканчивается память? Это исключение заставляет меня подумать, что Sidekiq (который выполняет автоматические резервные копии) либо завершается операционной системой, либо падает по какой-то другой причине.

Вы пробовали пересобрать Docker-контейнер (./launcher rebuild app), чтобы проверить, исправит ли это проблему?