У кого-нибудь есть опыт запуска двух отдельных контейнеров Docker вместо метода secondsite?

Это в основном выполнимо на машине с decently sized. Вам как минимум понадобится обратный прокси для обработки SSL. И, возможно, используйте шаблон socketed вместо открытия портов.