Sí, esas restricciones deberían seguir ahí. Sé cómo se perdieron: fue un problema relacionado con el cambio de padre de las categorías que pensé que ya se había solucionado, pero prestaré mucha atención, dado tu informe aquí: Category security settings reset when changing parent/subcategory relationship.
Lo solucionaré más tarde hoy.
Edición: debería estar todo resuelto ahora