Entiendo que lo que ocurrió fue que tus intentos repetidos de generar credenciales alcanzaron los límites de tasa de Let’s Encrypt. Eso no es lo mismo que ‘SSL bloqueó mi dominio’.
Siempre puedes utilizar otro proveedor de certificados SSL (de pago) o esperar a que se levante este límite. Todo se trata de mantener el servicio (gratuito) disponible para todos.