Есть ли у тебя непрочитанные ответы в чатах с ботами? Их недавно отфильтровали из основного входящего, поэтому, возможно, они не учитывались в счётчике.
Поиск по запросу in:messages in:unseen может помочь, но я не думаю, что это будет точно совпадать с количеством.