顧客について話しているということは、選択肢がある、つまり利用可能な資金があるということだと想定します。コミュニティが1つなのか、複数のコミュニティの集合体なのかを真剣に検討する必要があると思います。そして、それが決まったら、その文脈で何が理にかなっているかを自問してください。
各グループを完全に分離したいのであれば、単一のDiscourseインストールでは実現できません。
いくつかの具体的な点についてコメントさせてください。
これは定期的に発生していますか？それは私にとっては仮説上の懸念のように聞こえます。顧客のユーザーがランダムな見知らぬ人をメンションしたりメッセージしたりする理由がわかりません。また、メンションが発生したカテゴリにアクセスできないユーザーがメンションの通知を受け取ることに驚いています。もしそれが実際に起こったことを確認できるなら、それはバグのように思えます。
失礼なことを言いたくはありませんが、これは妥当な仮定ではありません。
あなたは1つのフォーラムを作成し、1つのコミュニティを持っています。そして、そのコミュニティのメンバーは自然にお互いを発見しています。あなたのユースケースにとってこれが最善の実装であるかどうかはわかりませんが、少なくとも私が理解している限りではそうです。しかし、あなたは単に、コミュニティのコミュニティという、ほとんどRedditのような非典型的なセットアップに対応し、それを人々に隠したいというあなたの願望を満たすために、ソフトウェアが自己調整することを期待することはできません。あなたはフォーラムを持っており、それはフォーラムとして機能しています。
明確に区別されたコミュニティを持つ複数のフォーラム（フォーラム？）が必要な場合は、状況に合わせて追加のDiscourseインストールを立ち上げることができます。長期的にはそれが最善の選択肢だと心から思います。
Marketplace で、カスタムプラグインを作成してくれる人を見つけられるかもしれません。彼らはその仕事に対して報酬を期待していることをご承知おきください。
特定の要素に display: none を使用するだけでは不十分でしょうか？
ユーザー名を完全に発見不可能にするわけではありませんが、個人のプライベートな健康情報のようなものを扱っているわけではありません。ユーザーが手動で人をタグ付けしたり、自動補完の提案を見たりすることで、すでにユーザー名を発見できる場合、これは十分であると思われます…