Acho que você pode melhorar isso com journalctl, talvez com
# journalctl --vacuum-size=50M
(o que você pode fazer imediatamente antes de tentar uma atualização)
É interessante que o uso do PostgreSQL não tenha diminuído.
O comando free mostrará o uso da swap: está em 17% de uso, de algum valor, provavelmente 2G.
Está claro que sua máquina é um pouco pequena demais: você precisa de mais RAM ou mais swap, e não é prático ter muito mais swap sem obter mais disco.