Думаю, это можно улучшить с помощью journalctl, например, так:
# journalctl --vacuum-size=50M
(что можно выполнить непосредственно перед попыткой обновления).
Интересно, что использование PostgreSQL не снизилось.
Команда free покажет использование подкачки: занято 17% от некоторого объёма, вероятно, 2 ГБ.
Очевидно, что ваша машина немного маловата: вам нужно больше оперативной памяти или больше подкачки, но практически нельзя увеличить подкачку, не добавив больше места на диске.