Gracias @Wingtip, ¡pensé que solo nos estaba pasando a nosotros!
En realidad, tuve que cancelar la reconstrucción y reiniciar la aplicación porque pensé que se había quedado atascada en esa consulta que mencionas. Tenemos 6 millones de publicaciones y, después de unos 45 minutos, aún no había terminado, así que supongo que tendré que estar preparado para al menos una hora de reconstrucción y avisar a nuestros usuarios antes de que comience.