Хм, интересно 
В нашем стандартном скелете плагина у каждого плагина есть свой файл package.json с зависимостями для линтинга. И пока что скелет всё ещё использует yarn.
Так что для линтинга конкретного плагина нужно перейти в директорию плагина и выполнить:
yarn install
yarn prettier --write
Использование конфигурации линтинга из ядра для плагинов иногда работает. Но если версии или конфигурация расходятся, это может стать проблематичным, так как версия eslint/prettier в ядре не будет совпадать с версией, используемой в CI вашего плагина.