Хотите, чтобы они были в алфавитном порядке? У меня когда-то был скрипт для сортировки категорий и подкатегорий по алфавиту.
Наверное, кто-то уже пытался уговорить вас использовать вместо этого теги? С таким количеством категорий это, скорее всего, лишь первая из проблем, с которыми вы столкнётесь.