Gracias por ser tan claro en que estoy equivocado. 
No estoy sugiriendo que los usuarios quieran tener las más de 100 categorías en sus barras laterales. Pero los usuarios a menudo interactúan en una amplia variedad de categorías y los nombres de las subcategorías son relativos a la categoría principal y no tienen tanto sentido fuera de contexto.
Por lo tanto, usar el orden del sitio para las categorías elegidas por cada usuario será la diferencia entre usable e unusable para los usuarios de mi sitio.
Sí, también estamos trabajando en reducir el número de categorías; pero incluso un número de categorías sensato para el propósito del sitio sería de muchas docenas, por lo que el problema central persiste.