Ok, sto riscrivendo la mia risposta perché sono abbastanza sicuro di aver capito tutto ciò che sta succedendo qui 
Come menziona @ninjapenguin, se hai un tag ed elimini tutti i topic a cui quel tag è applicato, il tag rimane elencato nella pagina dei tag e il conteggio non cambia. Credo che questo accada perché i topic esistono ancora tecnicamente e continuano a mantenere il tag.
@syl, se navighi nell’elenco dei topic del tag tete come mostrato nello screenshot e poi aggiungi
?status=deleted
alla fine dell’URL, dovresti vedere elencati due topic eliminati con il tag tete.
Il messaggio informativo nel tuo secondo screenshot corrisponde al numero di topic eliminati a cui è applicato il tag.
Penso che probabilmente non dovremmo tenere in considerazione i topic eliminati quando si contano/elencano i tag, ma potrebbe non essere una modifica super banale, dato come tutto è archiviato nel database. Cosa ne pensi @codinghorror?