Puoi aggiungere una sezione labels: al tuo app.yml per includere etichette docker sul container discourse quando viene avviato da launcher. In alternativa, puoi usare ./launcher start-command app per vedere il comando di avvio docker e poi usare quello che vuoi per usare le stesse variabili ENV per avviare il container Discourse.
Non dici cosa vuole Watchtower o ha bisogno di escludere Discourser da Watchtower, quindi non posso dirti altro.