Los 404 son enlaces externos que apuntan a páginas que no existen en tu sitio. ¿Cómo aumentan los enlaces desde tu sitio a otros lugares los errores 404 en tu sitio?
La configuración no follow a la que haces referencia es la solución actual para evitar que tus usuarios se beneficien al enlazar a otros sitios. Podría ser posible cambiar ese comportamiento en un componente del tema, pero no estoy seguro.