Sem problemas 
fico feliz que você tenha resolvido.
O problema é que você está fazendo a substituição incondicionalmente e isso está mexendo com coisas a jusante. Uma correção mínima seria realizar a substituição apenas se o (c) estiver realmente lá. Dito isso, eu recomendaria evitar esse hack de qualquer maneira e fazer isso na formatação do markdown. ™
Antigamente, desabilitamos essa substituição aqui:
O que você quer é algum tipo de plugin que o reative.