@メンションのオートコンプリートリストにすべてのユーザーが表示される

サイト設定に「ユーザーディレクトリを有効にする」というものがあります。これはユーザー名を非表示にするものではないと思います。

ユーザー同士が全く見えないようにしたい場合は、個別のコミュニティを作成する必要があります。「Docker を使用したマルチサイト設定」を確認してみてください。Multisite configuration with Docker