Às vezes, operações de limpeza ajustam as tags (ou categoria) de um grande número de tópicos. Nesse caso, as notificações enviadas podem ser bastante inúteis e intrusivas. O mesmo vale para tópicos seguidos por muitos usuários.
Proponho permitir a supressão de notificações para operações em lote, por exemplo, adicionando uma caixa de seleção para esse fim ao formulário respectivo.
Existe uma configuração do site chamada disable_tags_edit_notifications (e também disable_category_edit_notifications) que você pode ativar ao alterar muitas tags/categorias. Você já tentou usá-las?
Acho que a nova janela modal de marcação em massa também possui uma caixa de seleção para indicar se os usuários devem ser notificados. Você usou essa opção e os usuários ainda foram notificados?