Creo que ahora puedes lograr esto usando HTML:
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
Ahora puedes seleccionar ‘Genera HTML en el reemplazo’ como una opción para cada Palabra Observada en Reemplazar y Enlazar.
Markdown todavía no es compatible, pero creo que eso es más una solicitud de Feature, así que lo moveré. 
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