Escenario:
Quiero tener una palabra vigilada, digamos GET (sin comillas) y quiero reemplazarla con ## GET para que sea un encabezado H2. Creo esa palabra vigilada y su reemplazo, pero cuando compongo un mensaje con GET, y presiono guardar, mi publicación devuelve esto:
Parece que debería estar renderizándose como markdown.
Creo que ahora puedes lograr esto usando HTML:
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
Ahora puedes seleccionar ‘Genera HTML en el reemplazo’ como una opción para cada Palabra Observada en Reemplazar y Enlazar.
Markdown todavía no es compatible, pero creo que eso es más una solicitud de Feature, así que lo moveré. 
