Sim, os Anúncios Nativos (Anúncios de Recomendação) podem ser inseridos em um componente de tema. Nenhum plugin é necessário.
Para exibir no topo de uma página de tópico, o arquivo está em um diretório chamado javascripts/<nome-do-plugin>/connectors/topic-above-post-stream/<nome-do-plugin>.hbs. Cole o código do anúncio neste arquivo.
Não tenho certeza se o plugin de anúncios é necessário para dar suporte aos Anúncios da Amazon.