Docker はそのように動作します。実際のファイルは Docker コンテナ内部にあり、Filezilla では「見えない」状態になります。
プラグインやテーマなど、Discourse の変更をテストしたい場合、本番環境のインストールでは行うことはできません。
テーマについては Beginner's guide to using Discourse Themes をご覧ください。
プラグインについては Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin をご覧ください。