Вот как работает Docker: фактические файлы находятся внутри контейнера Docker и поэтому «невидимы» для Filezilla.
Если вы хотите протестировать изменения в Discourse, например плагины и темы, вы не сможете сделать это в рабочей установке.
Для тем см. Beginner's guide to using Discourse Themes
Для плагинов см. Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin