Парадигма сильно отличается от PHP-приложений 90-х, когда было нормой редактировать файлы на продакшн-серверах через FTP.
Изменения в поведении Discourse должны реализовываться в виде отдельных проектов, размещённых в собственных git-репозиториях, и использовать существующие API плагинов и тем.
Например, если вы хотите добавить дополнительное поле в редактор темы, где пользователь сможет указать предпочитаемый цвет, вы создадите новый плагин для Discourse, следуя руководству по адресу Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin, затем разместите его на GitHub в репозитории с именем discourse-favorite-color и установите на свой экземпляр, следуя инструкции по адресу Install plugins on a self-hosted site