No he encontrado la causa raíz, pero parece ser un problema de conectividad con Docker. Un service restart docker fue una solución temporal. Fue molesto ya que la reconstrucción funcionó unas horas antes y los git pull a GitHub funcionaban bien.
Por eso no haces cosas a las 4 a.m. y estás agotado. ¡Debería haber dormido 2 horas más y haberlo vuelto a trabajar por la mañana!