自動バックアップを毎日実行し、ローカルストレージを使用するように設定しました。これらのバックアップはどこに保存されるのでしょうか？
管理画面の「バックアップ」パネルには自動バックアップが表示されませんが、手動で作成したバックアップは表示されており、それらはコンテナ内（私の場合は /bitnami/discourse/public/backups/default）で見つけることができます。
別の場所に保存されているのか、それともバックアップが正常に実行されていないのでしょうか？
マニュアルバックアップと同じ場所です。Discourse の最新のベータ版を使用している場合、自動バックアップが失敗した際、PM で通知が届きます。
Bitnami を使用しているようですが、当社は Bitnami をサポートしておりません。そのため、設定が正しいとお考えでも自動バックアップが機能しない場合は、残念ながらご自身で対応いただくことになります。