Puedo pensar en un millón de razones. Quizás no quieras que todos los nombres de host aparezcan en el mismo certificado para que todos los usuarios los vean. Quizás los certificados no provengan todos de LE. Quizás no quieras que todas las renovaciones fallen si un único registro A apunta en la dirección incorrecta.
La razón más importante de mi comentario fue asegurarme de que SAN no se considere un requisito obligatorio.