はい、JS埋め込みコメントを使用すると、Discourseにログインしている間はプライベートDiscourseのコメントを確認できます。しかし、Discourseにログインしていない場合は表示されません。以下はその例です。
逆に、WP Discourseコメントを使用すると、プライベートインスタンスにログインしていなくても、またはメンバーでなくても、プライベートインスタンスからの返信を確認できます。
現在、Discourseサイトはログインが必要な設定になっていますが、Discourse以外の一般ユーザーにもWPサイトのコメントを見てもらいたいので、WPの方法が現時点では最良のようです。
コメントをDiscourseメンバーのみに表示したい場合や、ログイン必須オプションを削除することを決定した場合は、JS埋め込みを選択するでしょう。なぜなら、標準で追加機能が得られるからです。