Да, с помощью App.yml вы можете создавать резервные копии и называть их так, как вам нужно.
Если вы изменяете определённый раздел, вы также можете добавлять комментарии. Я, как пользователь с самостоятельным размещением, организую свои плагины по категориям: официальные, Pavilion и другие. При установке нового плагина я добавляю комментарий в соответствующий раздел.
Однако у других могут быть лучшие идеи, чем мои.