Básicamente, puedes hacer lo mismo: crea tu propio componente de tema y agrégalo como hijo a tu tema base (proveniente de Git). Luego, puedes actualizar el tema de Git según sea necesario sin afectar tu trabajo personalizado en el componente.
Esa es la forma más sencilla; es posible que estés duplicando algo de CSS, pero probablemente no una cantidad inmanejable.
Más información sobre temas y componentes: Beginner's guide to using Discourse Themes