In pratica puoi fare la stessa cosa: crea il tuo componente tema e aggiungilo come figlio al tuo tema di base (proveniente da git). In questo modo puoi aggiornare il tema git quando necessario senza influenzare il tuo lavoro personalizzato nel componente.
Questo è il metodo più semplice; potresti duplicare un po’ di CSS, ma probabilmente non in una quantità ingestibile.
Maggiori informazioni su temi e componenti: Beginner's guide to using Discourse Themes