Hola @haydenjames,
No hay nada que puedas hacer en el plugin WP Discourse para añadir las publicaciones que crea en Discourse a un archivo robots.txt. De hecho, esta es una pregunta puramente de Discourse, concretamente “¿Puedo hacer noindex automáticamente a los temas incrustados?” (o algo similar). Un tema incrustado desde Wordpress es funcionalmente lo mismo que cualquier otro tema incrustado. La vía de investigación que quieres seguir está ahí, por ejemplo, el origen de la configuración del sitio embed set canonical url y discusiones relacionadas.
No creo (pero estaré encantado de que me corrijan) que lo que quieres hacer sea una característica actual de Discourse. Actualmente, Discourse añade una cabecera X-Robots-Tag: noindex a las solicitudes GET de temas ocultos. Podrías hacer lo mismo para temas incrustados a través de un plugin.