Hola.
Cuando empezamos a hacer scroll, la clase docked aparece en <body>.
Pero cuando volvemos a subir hasta el principio, la clase docked permanece.
¿Es esto correcto? 
Me gustaría que el encabezado se vea diferente cuando se quede fijo, y actualmente no puedo hacerlo debido a esto.
¿Quizás @awesomerobot lo sepa?
Si recuerdo correctamente, la clase docked está pensada para el contenido adicional que se agrega al encabezado (en la sección Header de un tema). Puedes agregar una línea de texto a Header para ver que la clase se muestre/oculte como se espera.
Por lo tanto, a menos que tengas contenido personalizado en el encabezado, este permanecerá fijo al hacer scroll y se mantendrá así permanentemente.
Hace mucho tiempo (creo que más de 4 años), desanclamos el encabezado en la parte superior de la página… pero eso regresó sin que nos diéramos cuenta durante mucho tiempo, y luego decidimos adoptar ese comportamiento regresivo.
Es probable que podamos mejorarlo; el comportamiento actual provoca un pequeño “salto” inicial al hacer scroll por primera vez (haz una recarga completa para verlo)… pero debemos tener mucho cuidado de no romper todas las personalizaciones de encabezado existentes que hay por ahí (¡son muchas!). Podría tener sentido esperar un poco más (hasta que dejemos de soportar IE11) y luego considerar realizar mejoras más significativas junto con eso, como usar position: sticky; en lugar de fixed.
No estoy seguro de si tu respuesta también implica esto, pero en el futuro, si es posible agregar una clase específica cuando el encabezado se vuelva fijo, sería genial. Muchos sitios en la actualidad utilizan encabezados grandes y altos, y me han pedido varias veces personalizar un foro de Discourse para que tenga un encabezado así. Sin embargo, un encabezado alto significa que debe redimensionarse al hacer scroll, y una clase preexistente sería perfecta para eso.
¡Oh, sí, lo siento, no lo expresé muy claramente. ¡Creo que sería algo útil que deberíamos añadir!