Если я правильно помню по своему опыту, сначала вы сможете обновить только Docker. После обновления Docker в интерфейсе обновления вам будет показано сообщение, объясняющее, что обновление необходимо выполнить через командную строку, и как это сделать.
Затем при обновлении в командной строке вы увидите подсказку (HINT) для каждого плагина, который нужно удалить из app.yml, как объясняется в первом сообщении выше.