В настоящее время мы не планируем переносить какие-либо другие плагины в ядро. Cakeday был последним, и его пришлось внедрять отдельно от основной партии из-за некоторых сложностей, связанных с тем, как он ранее включался по умолчанию.
Полностью понимаю ваше разочарование процессом — он, безусловно, не такой плавный, как мне бы хотелось. Для контекста: фундаментальная проблема заключается в том, что файлы app.yml не являются файлами конфигурации Discourse. Это конфигурация pups, а строки установки плагинов — это просто команды оболочки (shell commands).
Внедрение специфичной для Discourse логики в pups и заставить его игнорировать определённые команды оболочки — это не вариант. Этот инструмент используется не только для Discourse. Кроме того, я подозреваю, что многие будут недовольны, если мы изменим команды оболочки, выполняемые во время загрузки, без их ведома.
Поэтому мы остановились на самом чистом решении, которое смогли найти с помощью имеющихся инструментов: принудительная пересборка через CLI, а затем отображение сообщения с просьбой удалить затронутую строку из вашей конфигурации.